1、内迁山后（大宁、开平）卫所
“山后”也就是燕山之后，燕山以北区域，狭义上指开平、大宁诸卫所，广义上包括临潢、泰州。明代首次进入此地是洪武二年，是年常遇春攻占全宁、上都，然后班师凯旋，回驻北平，而这一地区再次被北元占领，次年的洪武三年，明军北伐，李文忠再度攻占上都、应昌，并改上都路为开平府、兴和路为兴和府，但是旋即内迁民众，裁撤州县，仍然作为明军和北元军双方争夺之地而存在。洪武二十年，在古北口外设立了大宁、新城、富峪、会州诸卫，这次设卫是军事上明太祖第五次北伐的一部分，主要目标是盘踞金山的纳哈出。作为正式经略山后的初步打算，明朝开始以军卫的手段占领，并进行经营，不再跟之前那样旋占旋退，于是这一地区出现了一个一级区划——大宁都司，次年改为北平行都司。北平行都司全盛时，下辖一所二十卫，并出镇宗王一位，管理着松亭关、古北口以北的山后漠南地区。
洪武二十九年，开平设卫，驻地元上都，实际是将上都西北角作为开平卫的军营（这也就是为什么元上都遗址只有西北角是包砖的），不久又添设开平五屯卫。开平六卫，加上宜兴、兴和二所，管理了大宁以西、野狐岭以北的山后漠南地区。开平卫没有出镇的宗王，但是封在山东青州的齐王经常奉命前来开平屯戍、练兵。
同年，朱元璋去世，建文即位。太孙是个热爱折腾的人，一番烧草作，四叔反了，四叔封地在北平，造反需要人，北平城内的十二个卫人手不够，于是有了前往大宁，裹挟宁王一起的举动——注意，宁王实际上只有自己的三卫人马听调动，而朱棣更在乎是怕是北平行都司的剩下的那十七卫人马——当然这事在大多数人眼里成了这二十卫外加朵颜三卫都是宁王的。同时，开平诸卫也在燕王的征调内，四年的内战打完，北平行都司基本上打残，朱棣迁都北京，将北平行都司、开平诸卫尽数安置在北平周边，注意，这个时候开平也在内迁之列。不久，开平卫再次回迁上都城，成为唯一孤悬山后的卫所，最终在宣德时期内迁独石口。
成祖时期内迁了山后卫所，但是北边边防并为出现问题，原因倒是简单——朱棣把山后几千里的地区打造成了无人区，根本没有大规模的蒙古人活动。而明军的战斗力在这个时候也保持的不错，宣宗年间还能出塞跟蒙古人对砍并把人砍服。但是明军再未回到此处，于是内迁大宁、开平，成为了第一项、也是最大的罪过。
2、放弃河套
也就是常说的放弃东胜卫。洪武三年，明将金朝兴攻克东胜州、云内州等地，次年在东胜州开设东胜卫，但随着洪武五年明军第三次北伐的失败，明军开设在北边采取收缩巩固的态势，大宁、开平全部回迁，东胜卫也内迁大同。洪武二十五年，在完成了田亩清查、黄册编订等一系列工作之后的明朝，拥有了真正进驻塞上的实力，于是在这年，明朝在山西一口气签军十六个卫，并在今天的山西长城之外安置了东胜左、右，玉林，云川，镇虏，宣德六卫，后来又在东胜设安东中屯卫。至洪武三十一年，山西行都司地区一共有卫20，护卫6，屯卫6，守御千户所1，羁縻千户所5，其中七卫在河套东偏的丰州滩一代。
靖难之役之后，明朝迁都北京，朱棣把晋北山西行都司大部迁置北平周边，东胜左卫迁于卢龙县，东胜右卫徙往遵化县，这次内迁晋北卫所，晋北一度空虚到仅剩阳和、天成二卫，剩下的大同在城五卫、朔州在城二卫、蔚州在城一卫。于是在宣德时期，为了巩固晋北，又迁回去一些，但无一例外全部在今天长城之内，而丰州滩从此与明朝无缘，仅仅剩下了烧荒的游骑。
3、废弃交趾
永乐五年出兵安南，灭安南胡朝，次年开设交趾布政、按察、都指挥三司，是为中国最后一次尝试经营安南（嘉靖的逗B安南都统司不算），也是越南历史上的第四次北属时期。
但是明朝派去的宦官马骐和山寿等就是老鼠屎，坏了安南这锅好汤，机起了安南人民的反感及叛变，以至于当地叛乱数十年不断，于是宣德三年，好圣孙正式废除交趾三司，册封黎利为安南国王，安南作为明朝附庸国存在。
4、废除奴儿干都司
简单来说，奴儿干都司的职责就是上传下达，下面的羁縻卫所跟他没有上下统属关系，粗暴点讲，奴儿干都司就是东北的羁縻卫所朝贡的集合点。大家要去北京朝贡，先来都司城集合，人到齐了，走人。上面来了钦差，先来都司城，再把周边的头目拢到这儿，宣布事项。
所以，宣德九年废的奴儿干，就是废了这么一个机构，而东北的羁縻卫所还在，只不过是由在都司城集结，变成了到三万卫集结。正是因为这个原因，所以明代在东北的羁縻卫不仅没有随着宣德九年的废弃奴儿干都司而消亡，反而在嘉靖万历时期还有添设。
5、放羊式管理哈密、藏区
这一地区在正德、嘉靖时期逐步被西边的叶尔羌、吐鲁番等吞并，残部退入嘉峪关内附安置。藏区也在明后期丧失。
6、丢失云南外徼
元代云南空前广阔，明代是更进一步，在元代云南的基础上又收狗设立了大古剌、底马撒、底勿剌等三个宣慰司，账面上把疆土扩到了印度洋。而有证据认为，底马撒军民宣慰使司是在印度阿萨姆地区的，详见陈孺新《关于“大古剌”、“小古剌”与“底马撒”的考释》。这么大的范围你要是说都是大明的，有些勉强，但是宣德年间能在缅甸宣慰司城开设驿站，似乎又能说明一些问题……总之，随着万历年间东吁王朝的崛起，明代逐步丧失了云南外徼，而将国界线稳定在今日中缅边境外不远，但是仍未接触到今天的国界线。三藩之乱的时候，缅甸趁机夺取孟艮御夷府，并进一步接近云南，最终形成了今天的国界线。
