侯瑱是四川人，南北朝时期叫巴西郡充国县，现在叫四川省南充，侯瑱的父亲叫侯弘远，侯家世代为西蜀首领，侯弘远当上首领后，也是当地的豪杰。当时蜀地叛贼张文萼占据白崖山，有一万多喽啰，张文萼带领他们在当地作乱。时任鄱阳王的萧范，命令侯弘远带兵前去讨伐张文萼。侯弘远战死，侯瑱请求带兵攻打张文萼，替父亲报仇。萧范答应了他的请求，在攻打张文萼的时候，侯瑱一马当先，勇不可挡，斩杀了张文萼。
萧范看侯瑱勇猛，提拔他为偏将，当时西蜀地区有几股少数民族不愿意归顺南梁。萧范派侯瑱领兵前去讨伐，多次讨伐立功，萧范提升他为中兵参军，后又升他为超武将军。侯瑱一直跟随着萧范，侯景之乱爆发，侯景率兵围攻台城，台城告急，萧范命侯瑱辅佐他的大儿子萧嗣，领兵前去救援。由于京城被侯景攻破，萧嗣和侯瑱只得率兵返回。
侯景攻破南梁首都，囚禁了梁武帝，拥立了萧纲为傀儡皇帝，萧范前去东魏请求救兵，并让自己饿两个儿子去做人质。被东魏欺骗后萧范在行军途中郁郁而终，侯瑱统率了萧范的人马。前去投靠豫章太守庄铁，庄铁怀疑侯瑱别有用心，准备杀了侯瑱，吞并他的兵马，侯瑱知道这事以后很害怕，于是就先下手为强，杀了庄铁。占据了豫章。
侯景的部将于庆攻破了豫章，侯瑱走投无路之后，只能投降于庆，于庆把他抓回去交给了侯景。侯瑱一表人才，又是和侯景同姓，这一笔还写不出两个侯字来，于是两人称兄道弟，侯景对侯瑱也是相当好，这时蠡南各郡也爆发反叛侯景。侯景随即命令侯瑱去平乱，又担心侯瑱会一去不回，就把侯瑱的妻子儿女作为人质。
侯瑱领兵前去平乱，这时侯景在巴陵战败时，侯景的部将宋子仙、任约等都被俘虏，侯瑱干脆杀了侯景派在他身边的亲信，以此来响应反抗侯景的义军。完全不把一家老小的生命当一回事，侯景一看，你都不在乎了，那我还留着他们浪费粮食啊！就把他妻子儿女还有弟弟全部杀光。这是对侯瑱争议最大的地方，为什么不顾一切都去为父亲报仇，而又不在乎妻子儿女的生命。
梁元帝萧绎任命侯瑱为武臣将军，跟随王僧辩讨伐侯景，侯瑱每战都为前锋，一路大败侯景大军，侯景弃台城逃跑，王僧辩乘胜追击，和侯景在吴松江决战。侯景大败而逃，部将谢答仁、吕子荣等投降王僧辩。
北齐和西魏知道南梁大乱，都想趁机占便宜，于是北齐派了大将郭元建攻打南梁。王僧辩命侯瑱带领几千人马前去阻击，侯瑱大败郭元建。西魏又进攻荆州，王僧辩又命侯瑱支援荆州，等他大军赶到，荆州已被西魏攻破。
陈霸先和侯安都密谋杀死王僧辩后，王僧辩的弟弟王僧愔准备讨伐陈霸先，又在暗地里想谋杀侯瑱，并夺取侯瑱的军队来对抗陈霸先，侯瑱得知后，拘捕了王僧愔的全部同党，王僧愔见计划失败后，连夜逃奔北齐。
陈霸先拥立萧方智为帝后，这时的侯瑱兵力强盛，表面臣服新朝廷，暗地里他也有自己的想法，毕竟现在他也是势力雄厚。余孝顷任豫章太守，侯瑱对朝廷派下来的人有敌意，双方不服就开干，由于内部手下侯方儿临阵倒戈，把侯瑱的家当全部抢了投靠陈霸先，没了后方补给的侯瑱，无奈只能投降陈霸先。
陈霸先篡位建立陈朝，任命侯瑱为车骑将军，王琳不服陈霸先，投靠北齐，并在北齐借兵攻打陈霸先，一战就俘虏了陈霸先的两个大将，周文育、侯安都。侯安都等人买通王琳的手下顺利逃TUO，第二年陈霸先病死，他的侄子陈蒨继位，是为陈文帝，升任侯瑱为太尉。
王琳又整合人马，准备一举打败南陈，这时天公不作美，王琳把战船排列在长江西岸，到了晚上却刮起了大风，把王琳的战船都刮沉没了，还淹死了几百人，随即又有一颗流星刚好坠落在王琳的大营里，王琳只好收拢大军，不敢来战。
王琳在抵抗侯瑱的时候，西魏大将军史宁领兵来到了王琳的上游，天灾加上人祸，王琳大败。王琳只好带着几个亲信突围逃到湓城，本来还想收拢残军在战，这时也没人愿意跟他了，王琳只好带着家室逃往北齐。
宇文家篡位建立北周，派了大将独孤盛率水军进犯巴州、湘州，与贺若敦水陆并进，陈文帝命侯瑱从浔阳出发前往抵御。双方在西江口咬战，侯瑱大败独孤盛，打的独孤盛逃回后方，闭城不出。侯瑱因功被封为零陵郡公，侯瑱因病向朝廷请求回去养病，在回朝的途中病死了，陈文帝赐太配享陈武帝太庙，谥号壮肃。
